慕尼黑工业大学的系科设置主要基于工程科学和自然科学，另外还设有医学院以及慕尼黑德意志心脏研究中心，体育科学院，以及设立于魏恩施蒂芬（弗赖辛）的营养学，土地规划与环境科学中心。这些系科的结合使得慕尼黑工业大学享有在欧洲众多大学的独特优势。德国科研联合会（DFG）在慕尼黑工业大学建立了12个研究站点，其中很多的研究项目世界闻名。人文科学设立于慕尼黑的另一所大学：路德维希马克西米利安慕尼黑大学（即：慕尼黑大学）

开设的专业有：

高分子材料科学，农学，建筑学，土木工程学，土木材料及维修学，生物化学，生物信息学，生物学，酿造与饮料技术，工商管理学（MBA），化学，化学工程学，优化设计学，交流与决策学（MBA）,计算机机械学，计算科学与工程，计算力学，消费研究学，电子与信息科学，能源与过程科学，工程物理学，发展与设计学，营养学，地球空间科学，汽车与发动机科学，金融与信息管理学，林木科学，林业资源管理，园艺学，土地测量与地理信息学，地理科学，工业化学，计算机科学，通讯技术学，工程水利学，综合元件设计，科学运输系统，核技术，土地管理学，土地利用学，景观设计与景观规划学，食品化学，航空航天科学，机械制造与管理，机械工程学，生物技术数学，数学，机械电子与信息技术，医学，医药技术学，微波工程学，分子生物技术，原子技术，生态学，物理学，生产与物流学，修葺与保存技术，体育教育，体育科学，可续资源管理学，食品工程学，企业管理学，应用数学，交通系统学，环境工程学，环境规划与生态工程学，经济计算机学。